Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Universitas Muhammadiyah Klaten (UMKLA) adalah kegiatan sistematis yang bertujuan untuk mencapai visi, misi dan tujuan Universitas Muhammadiyah Klaten. SPMI diperlukan untuk menetapkan, melaksanakan, mengevaluasi, mengendalikan dan meningkatkan kinerja penyelenggaraan Catur Dharma Perguruan Tinggi di Universitas Muhammadiyah Klaten secara konsisten dan berkelanjutan.
Penerapan Sistem Penjaminan Mutu UMKLA di tingkat Universitas, Fakultas, prorgram studi dan unit-unit lainnya dilakukan untuk menjamin kesesuaian terhadap standar, peraturan, pedoman dan manual mutu yang berlaku di UMKLA mencakup Kebijakan Mutu, Manual Mutu, Prosedur Mutu, Formulir Mutu. Penerapan Sistem Penjaminan Mutu di UMKLA dimaksudkan untuk memastikan kemampuan UMKLA secara konsisten menghasilkan produk jasa pendidikan yang memenuhi kebutuhan stakeholder, visi, misi dan tujuan UMKLA dan memberikan kepuasan pada pengguna, peningkatan kinerja dan mutu berkelanjutan di UMKLA.
UMKLA mencanangkan penjaminan mutu melalui pendirian Lembaga Penjaminan Mutu pada tahun 2022 dengan Surat Keputusan Rektor No. 169/KEP/I.3.AU/F.1/2022. Lembaga Penjaminan Mutu ini merupakan perkembangan dari Bagian Penjaminan Mutu STIKES Muhammadiyah Klaten yang telah berdiri sejak tahun 2011. Dalam implementasinya, Lembaga Penjaminan Mutu UMKLA dikoordinir oleh Kepala Lembaga Penjaminan Mutu yang dibantu oleh Kepala Divisi Penjaminan Mutu Internal dan Kepala Divisi Penjaminan Mutu Eksternal.